ในภาคนี้เนื้อเรื่องจะย้อนกลับไปในช่วงก่อนที่มนุษย์ต่างดาวเผ่าเซนทรานด์
จะบุกโลก จะเป็นสงครามระหว่างฝ่ายสหพันธ์กับฝ่ายต่อต้าน เพื่อแย่งชิง
ชิ้นส่วนของโปรโตเดวิล
โดยจะกล่าวถึงชินนักบินของฝ่ายสหพันธ์ที่ได้เข้าร่วมรบและพลาดท่าถูก
เครื่องบินรุ่นใหม่ของฝ่ายต่อต้าน VF-0 สอยร่วง (ฉากเเปลี่ยนร่างอลังการมาก)
จนมาติดเกาะที่ชนเผ่ามายันอาศัยอยู่ และได้พบรักกับ ซาร่า โนม
(พี่สาวของเหมา โนม ซึ่งเป็นย่าของ เชอริล โนม ในภาคฟรอนเทียร์)
